小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
石田彰 丰口惠美 鸟海浩辅 田中理惠 绿川光 能登麻美子 田之中勇 泽城美雪 中井和哉 堀秀行 野岛健儿 种崎敦美 三浦祥朗 小松由佳 市道真央 小岩井小鸟 Lynn 石谷春贵 大久保瑠美 三宅麻理惠 樱川惠 高桥伸也
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 折笠爱 高城元气 那须惠 足立友 纳谷六朗 高田由美 富泽美智惠 三石琴乃 铃木玲子 玉川纱己子 乡里大辅 茶风林 楠见尚己 大西健晴 伊仓一惠 后藤邑子 山寺宏一
置鲇龙太郎 朴璐美 樱井孝宏 岩田光央 松田贤二 水树奈奈 菊池心 田野麻美 小野坂昌也 堀内贤雄 银河万丈 森川智之 高木涉 津田健次郎 柿原彻也 菊池正美 三木真一郎 三矢雄二 石田彰 岛田敏 梅津秀行 串田晃 李弘基 崔钟训 宋承炫 李在真 崔珉焕 石丸谦二郎 真矢美纪 北大路欣也